Las dependencias que en la actualidad ocupan los museos de Bellas Artes y Julio Romero de Torres pertenecieron en primera instancia al antiguo Hospital de la Caridad, institución que fuera patrocinada por los Reyes Católicos a finales del siglo XV y regida por la Orden Tercera de San Francisco, desempeñando en citado inmueble, hasta el año 1837, la labor de atención a los enfermos.
Desde mediados del siglo XIX el edificio sufre numerosas reformas, albergando a varias instituciones culturales de la ciudad, como es el caso del Museo Arqueológico, que residió bajo su techo entre los años 1868 y 1917, o el Museo Provincial de Bellas Artes, acogiendo, incluso, la vivienda del conservador y director del mismo, Rafael Romero Barros, padre de Julio Romero de Torres. Nuestro autor nació bajo estas paredes, en las estancias donde hoy se encuentra su museo.
Cuando fallece Julio Romero de Torres el 10 de Mayo de 1930, su viuda, Francisca Pellicer, y sus hijos, Rafael, Amalia y María, decidieron no vender las obras que aún tenían en su poder, pues su intención fue desde primera hora crear un museo con ellas. La familia donó a la Ciudad de Córdoba, entre otros, los lienzos presentados en la Exposición Iberoamericana celebrada en Sevilla un año antes.
El 23 de Noviembre de 1931 se inauguró el Museo Municipal Julio Romero de Torres, contando con la presencia del Presidente de la II República, Niceto Alcalá Zamora, natural de Priego de Córdoba. En 1934 se ampliaron las instalaciones con motivo de la adquisición de unos inmuebles colindantes, incorporándose una segunda planta.
Con el tiempo, el museo ha ido aumentando su patrimonio constantemente, comenzando por el mobiliario del estudio que tenía el pintor en Madrid, que hoy constituye el grueso de la Sala Íntima del mismo. Por otro lado, el Ayuntamiento ha ido adquiriendo obras del autor durante estos últimos años, con el objetivo de engrosar y enriquecer la ya de por sí riquísima colección que nuestra ciudad posee.