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Su construcción comenzó al final del gobierno de Abd al Rahman I, en el verano de 786, y fue planteada como símbolo del poder del emirato omeya independiente de Damasco en Occidente, y para dejar el edificio como herencia de dicha dinastía. El punto de partida de la mezquita fueron los restos de la
Basílica de San Vicente, que fueron comprados por el Emir a los mozárabes por cien mil dinares. El espacio en que se levantó el edificio tenía dimensiones casi cuadradas y lindaba lateralmente con dos calles paralelas en dirección Norte-Sur, vías que pueden identificarse con las dos calles situadas a izquierda y derecha del cardomaximus de Colonia Patricia; según la hipótesis, el cardo máximo discurre bajo la nave principal de la mezquita.
En las mezquitas andalusíes es característica una desviación en sentido Sur-Sureste, pero ésta se encuentra más acentuada en la aljama cordobesa, pues se orienta a 169º frente a los  111º grados prescritos en el Corán. Además, nuestra mezquita se asemeja al santuario de la Kaaba en su disposición y en las proporciones de su planta, un cuadrado algo prolongado, cuyas dimensiones fijó Félix Hernández. El espacio se divide en dos mitades, una cubierta y otra abierta, el patio. Su forma es un cuadrado prolongado de 79 m. de lado, de los que 42,21 corresponden al santuario y el resto al patio, cuyo costado Sur es 1,30 m. más largo que el Norte.
Como señala Oleg Grabar, los arquitectos de la mezquita cordobesa no se preocuparon mucho por la exactitud de las medidas y la regularidad de las proporciones, asimetría que se constata en los cimientos del muro que cerraba el patio  primitivo por el Norte, que no son paralelos a la qibla y en los muros Sur y Norte. Los muros perimetrales del edificio, de los que se conserva parte del sector occidental, se realizaron con piedra caliza a base de sillares dispuestos a soga y tizón y estaban reforzados con contrafuertes a modo de pequeñas torres y rematado por almenas escalonadas de tradición oriental.
La característica más destacable y original de la mezquita primitiva es que sus 11 naves están separadas por hileras de arcos sobre columnas. El espacio está dividido en 12 intercolumnios  que descansan sobre 120 columnas. Las arcadas de las naves se dirigen al muro de la qibla, en un planteamiento basilical distinto al de la Mezquita Omeya de Damasco, donde las naves van paralelas a dicho muro.
Las columnas, cuentan con basas, capiteles y cimacios, con materiales reaprovechados romanos, bizantinos o visigóticos, fustes de mármol y capiteles; como su longitud es diferente, las columnas se suplementaron con plintos. La alternancia de materiales en las dovelas de los arcos. La alternancia de materiales en las dovelas -piedra y ladrillo- y la superposición de los arcos tienen un origen romano. Los arcos inferiores son de herradura – origen visigodo – y tienen función de entibo, pues contrarrestan presiones laterales para asegurar la verticalidad de las columnas. Los arcos superiores son de medio punto y soportan el muro longitudinal de separación de las naves, y son una creación islámica.
Sobre los muros formeros de las naves se colocaron armaduras de par e hilera con tirantes, y encima, la tablazón y el tejado a dos aguas. Debe resaltarse, además, la importancia arquitectónica de la Bab al-Wazara o
Puerta de los Visires (luego llamada de San Sebastián y también de San Esteban), pues constituye el primer ejemplo  exclusivo de arquitectura hispanomusulmana, con materiales labrados ex profeso y con un esquema original que se repetirá en todas las portadas de la mezquita.
En cuanto a la portada, se divide en 3 ejes, siendo el más ancho el central, y 3 pisos. En el eje principal se disponen 3 arquillos ciegos de herradura, separados por placas de ataurique, rodeados por alfiz y rematados por un original dosel de modillones de rollos rematado a su vez por almenas escalonadas. El primero de los pisos tiene 3 puertas adinteladas, de la que sólo es practicable la central. En medio del segundo piso está el alfiz, que incluye el arco de herradura enjarjado, con las dovelas de piedra adornadas con decoración vegetal; y, a ambos lados, se ven paneles decorativos de piedra tallada. Sobre dichos panales, en el último piso, se ven 2 arcos de herradura que incluyen otro trilobulado y enmarcan una celosía de piedra con las jambas decoradas también con atauriques. El conjunto está flanqueado por dos torres, que le dan el sello oriental, mientras que el arco de herradura cordobés, enmarcado por alfiz y albanegas, le confiere el carácter hispano.
Por último, la fachada sobre el patio está sustentada en unos pilares macizos y deja unos vanos ampliamente abiertos al exterior para dotar de amplia luminosidad a la sala de oración. Esta sala está cubierta por un techo de madera, y su piso fue originalmente de almagra, siendo sustituido por losas de mármol por Félix Hernández en el siglo pasado.
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